Seit Januar 2025 sind wir Teil der medizinischen Fakultät der Ruhr-Universität Bochum. Unser Team vereint Expertise in molekularer Virologie, bioinformatischer Methodenentwicklung und Virus-Wirt-Interaktionen. Mit Hochdurchsatz-Virusgenomsequenzierung, Single-Cell- und Spatial-Transcriptomics erforschen wir Infektionsverläufe und die Evolution von Pathogenen, insbesondere von RNA-Viren wie Hepatitis E. Durch die Verbindung von Grundlagenwissen, klinischen Daten und bioinformatischer Methoden entwickeln wir maßgeschneiderte Analysewerkzeuge für die virologische Forschung. Unser Ziel ist es, hiermit funktionale Schlüsselpunkte der molekularen Interaktionen zu identifzieren, die zur Krankheitsentstehung beitragen und Therapieansätze ermöglichen.
Virale Evolution ist ein zentraler Forschungsbereich in unserem Team. RNA-Viren wie Hepatitis E oder Enteroviren zeigen eine enorme genetische Variabilität. Diese entsteht durch fehlende Proofreading-Mechanismen während der Replikation, durch Rekombination oder durch Selektion im Wirt.
Wir untersuchen, wie sich Viren innerhalb einzelner Infektionen und über größere Zeiträume hinweg verändern – etwa beim Übergang vom Tier auf den Menschen oder beim Entstehen antiviraler Resistenzen. Mithilfe von Hochdurchsatz-Sequenzierung und bioinformatischen Methoden analysieren wir virale Diversität, rekonstruieren phylogenetische Beziehungen und identifizieren Selektionsdrucke.
Ziel ist es, evolutionäre Muster zu erkennen, die zur Pathogenese beitragen oder neue Therapieansätze ermöglichen.
Viren verändern tiefgreifend die zelluläre Biologie ihrer Wirte. Unser Team untersucht, wie virale Infektionen immunologische Signalwege beeinflussen, Abwehrmechanismen aushebeln und entzündliche Reaktionen auslösen.
Wir analysieren, wie akute und chronische Infektionen das Gleichgewicht zwischen Immunaktivierung und Immunsuppression verschieben – und welche Folgen dies für Krankheitsverläufe und Viruspersistenz hat. Besonders interessieren uns regulatorische Netzwerke, die antivirale Effekte fördern oder hemmen.
Unser Ziel ist es, funktionelle Schlüsselpunkte der Virus-Wirt-Interaktion zu identifizieren, die Ansatzpunkte für neue Therapien bieten.
Infektionen beeinflussen biologische Systeme auf mehreren Ebenen – von der Genexpression einzelner Zellen bis hin zu komplexen Veränderungen ganzer Gewebe. Unser Ziel ist es, diese Prozesse ganzheitlich zu erfassen.
Dazu kombinieren wir Bulk-, Single-Cell- und Spatial-Transcriptomics mit proteomischen Ansätzen und modernen Analysemethoden. Mit dieser integrativen Perspektive rekonstruieren wir Infektionsverläufe in Raum und Zeit, entschlüsseln zelltypspezifische Reaktionen und identifizieren systemische Muster viraler Pathogenese.
Unsere Forschung liefert hochaufgelöste Einblicke in alle Schichten der Infektion – von molekularen Reaktionswegen über zelluläre Netzwerke bis zur Gewebearchitektur. So entstehen nicht nur neue Hypothesen zur Virus-Wirt-Interaktion, sondern auch Datengrundlagen für gezielte Interventionen.
Wird bekannt gegeben.
Univ.-Prof. Dr. Daniel Todt
Abteilungsleitung
Tel. +49 234 32 18470
daniel.todt@ruhr-uni-bochum.de
Univ.-Prof. Dr. Daniel Todt ist Professor für Computergestützte Infektionsforschung und leitet TRACiR. Sein Forschungsschwerpunkt liegt auf virusgenomischer Plastizität und innovativen Sequenzier- und Analyseverfahren zur Untersuchung persistenter Infektionen.
Ramona Uehara
Teamassistenz
Tel. +49 234 32 18470
ramona.uehara@ruhr-uni-bochum.de
Ramona Uehara ist Teamassistentin bei TRACiR und sorgt mit organisatorischem Geschick und viel Überblick für den reibungslosen Ablauf im Forschungsalltag. Sie ist zentrale Anlaufstelle für interne Koordination und administrative Prozesse.
Dr. Tom Luthe
Science Manager
Tel. +49 234 32 18564
Dr. Tom Luthe ist Science Manager bei TRACiR und koordiniert strategische Entwicklungen, Projektförderung und wissenschaftliche Kommunikation. Mit einem Hintergrund in den Lebenswissenschaften verbindet er Forschungsexpertise mit organisatorischer Weitsicht.
Dr. Richard J.P. Brown
Postdoktorand
Tel. +49 234 32 15567
richard.brown@ruhr-uni-bochum.de
Dr. Richard J.P. Brown ist Postdoktorand mit herausragender Expertise in molekularer Virologie, viraler Immunregulation und Evolution. In TRACiR verbindet er tiefes Grundlagenverständnis mit analytischer Präzision zur Erforschung viraler Anpassungsmechanismen.
Dr. Maximilian Nocke
Postdoktorand
Tel. +49 234 32 17957
maximilian.nocke@ruhr-uni-bochu…
Dr. Maximilian Nocke ist Postdoktorand und Experte für
bioinformatische Methodenentwicklung und wissenschaftliche
Programmierung. In TRACiR entwickelt er maßgeschneiderte
Analysewerkzeuge für die virologische Forschung.
Dr. Nadi Dixit
Postdoktorandin
Tel. +49 234 32 18354
Dr. Nadi Dixit ist Postdoktorandin und verfügt über einen diversen Hintergrund in der biologischen Forschung. Sie bringt Fachwissen in den Bereichen Bioinformatik und Evolution mit. Bei TRACiR ist sie für den Aufbau und die Weiterentwicklung der räumlichen Transkriptomik Platform verantwortlich.
Leyla Sirkinti
Doktorandin
Tel. +49 234 32 29279
leyla.sirkinti@ruhr-uni-bochum.de
Leyla Sirkinti ist Doktorandin bei TRACiR mit Schwerpunkt auf Virus-Wirt-Interaktionen. Sie untersucht molekulare Mechanismen, mit denen Viren zelluläre Prozesse manipulieren und Immunantworten modulieren.
Saskia Janshoff
Doktorandin
Tel. +49 234 32 29277
saskia.janshoff@ruhr-uni-bochum.de
Saskia Janshoff ist Doktorandin bei TRACiR mit großer Faszination
für virale Evolution. Ihre Forschung konzentriert sich auf die Evolution im Wirt, sowie Anpassung und Diversifikation von Viren unter selektivem Druck.
Sarah Herhaus
Medizinische Doktorandin
sarah.herhaus@ruhr-uni-bochum.de
Sarah Herhaus ist medizinische Doktorandin bei TRACiR.
Maximilian Beikirch
Medizinischer Doktorand
maximilian.beikirch@ruhr-uni-bochum.de
Maximilian Beikirch ist medizinischer Doktorand bei TRACiR.
Theresa Bechtel
Masterstudentin
theresa.bechtel@edu.ruhr-uni-bochum.de
Theresa Bechtel ist Masterstudentin bei TRACIR mit großem Ehrgeiz und Interesse an Wet-Lab-Methoden sowie Bioinformatik. Sie erweitert ihre Kompetenzen an der Schnittstelle von experimenteller Virologie und computergestützter Analyse.
Merit Scheipers
Wissenschafltiche Hilfskraft
merit.scheipers@ruhr-uni-bochum.de
Merit Scheipers unterstützt TRACiR als wissenschafltiche Hilfskraft bei organisatorischen und wissenschaftsnahen Aufgaben. Sie bringt Engagement, Präzision und ein wachsendes Interesse an virologischer Forschung ins Team ein.
Dr. Daniel Todt: Individualisierte Infektionsmedizin von HEV-Infektionen (Management & Krankenhaus 1-2/2019) (PDF)
Deuse, Klaus: Bargeld und Corona (MDR Aktuell)
wiley.com – Personalized Infection Medicine Taking the Example of Hepatitis E Virus Infection
CT das Radio – HCV und Pferde-Virus
news.rub.de – Daniel Todt will Campus und Klinik enger verbinden
VETJOURNAL 06/2022 – Pferde-Hepatitisviren helfen, Hepatitis C zu verstehen (PDF)
Gömer, André, Richard J. P. Brown, Stephanie Pfänder, Katja Deterding, Gábor Reuter, Richard Orton, Stefan Seitz, et al. 2022.
“Intra-Host Analysis of Hepaciviral Glycoprotein Evolution Reveals Signatures Associated with Viral Persistence and Clearance.”
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https://doi.org/10.1093/ve/veac007.
Gömer, André, Mara Klöhn, Michelle Jagst, Maximilian K. Nocke, Sven Pischke, Thomas Horvatits, Julian Schulze zur Wiesch, et al. 2023.
“Emergence of Resistance-Associated Variants during Sofosbuvir Treatment in Chronically Infected Hepatitis E Patients.”
Hepatology, June.
https://doi.org/10.1097/hep.0000000000000514.
Todt, Daniel, Martina Friesland, Nora Moeller, Dimas Praditya, Volker Kinast, Yannick Brüggemann, Leonard Knegendorf, et al. 2020. “Robust Hepatitis E Virus Infection and Transcriptional Response in Human Hepatocytes.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117: 1–41.
https://doi.org/10.1073/pnas.1912307117.
Todt, Daniel, Anett Gisa, Aleksandar Radonic, Andreas Nitsche, Patrick Behrendt, Pothakamuri Venkata Suneetha, Sven Pischke, et al. 2016.
“In Vivo Evidence for Ribavirin-Induced Mutagenesis of the Hepatitis E Virus Genome.”
Gut 65 (10): 1733–43.
https://doi.org/10.1136/gutjnl-2015-311000.
Wißing, Michael, Toni Luise Meister, Maximilian K. Nocke, André Gömer, Mejrema Masovic, Leonard Knegendorf, Yannick Brüggemann, et al. 2024.
“Genetic Determinants of Host- and Virus-Derived Insertions for Hepatitis E Virus Replication.”
Nature Communications 15 (1).
https://doi.org/10.1038/s41467-024-49219-8.
